Les instances du PAJEP
Le fonctionnement du PAJEP s’appuie sur deux instances : un comité scientifique et une commission d'entrée des fonds.
Conseil scientifique
Le conseil scientifique se réunit deux fois par an : il supervise la collecte des sources, les activités de valorisation des fonds (colloque, journées d’étude, expositions, etc.) et plus généralement toutes les actions du PAJEP. Il est constitué d'un ou deux représentants de chaque partenaire et de personnalités qu’il a choisies, principalement des chercheurs et des représentants d’organismes publics ou privés.
Commission d'entrée des fonds
Le rôle de la commission d'entrée des fonds est d'évaluer les demandes de dépôt ou de don d'archives, les fonds d'archives signalés par l'archiviste du PAJEP ou les acteurs du secteur et de déterminer les centres de conservation les plus à même de les accueillir (centres d'archives partenaires du PAJEP ou services extérieurs) ainsi que la solution de travail retenue. La commission analyse pour cela l'intérêt historique du fonds, les missions de l'association, ses thématiques d'action et sa situation. Elle réunit une fois par an l'archiviste du PAJEP, les représentants des services d'archives partenaires, la déléguée générale du Fonjep, un historien spécialiste du domaine et un représentant de l'ADAJEP.